สโมสรก่อตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 23 มิถุนายน ค.ศ. 1928 โดย เฟลิก เปเรซ เด ลา ซิอานา โดยมีรามอน เดล เอียโร เป็นประธานสโมสรคนแรก[2] อย่างไรก็ตามสโมสรต้องหยุดการดำเนินการในปี ค.ศ. 1936 เนื่องจากสงครามกลางเมืองสเปน และกลับมาดำเนินกิจการสโมสรอีกครั้งในวันที่ 4 กันยายน ค.ศ. 1946[3]

เลกาเนส ใช้เวลาส่วนใหญ่กับการลงเล่นลีกระดับล่าง ในปี ค.ศ. 1977 สโมสรได้เลื่อนชั้นสู่ เตร์เซราดิบิซีออน ซึ่งเป็นลีกรองลำดับที่สี่ได้สำเร็จ หลังจากที่เคยลงเล่นในลีกนี้แล้วเป็นเวลา 7 ปีรวมกัน เมื่อครั้งเป็นลีกรองลำดับที่สาม

ในอีก 10 ปีต่อมาในปี ค.ศ. 1987 เลกาเนสได้เลื่อนชั้นสู่เซกุนดาดิบิซิออน เบได้สำเร็จ และสามารถเลื่อนชั้นสู่ เซกุดาดิบิซิออน ได้ในอีก 6 ปีต่อมาและใช้เวลา 11 ฤดูกาลอยู่ในลีกนี้ติดต่อกันนับจากนั้น โดยผลงานที่ดีที่สุดคือการจบลำดับที่ 8 บนตารางคะแนนลีกในข่วงฤดูกาล 1995–96 และ 1996–97

ในฤดูกาล 2015–16 เลกาเนส ได้เลื่อนชั้นสู่ ลาลิกา ลีกสูงสุดเป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์สโมสรได้สำเร็จ โดยเกิดขึ้นในวันที่ 4 มิถุนายน ค.ศ. 2016 จากการเอาชนะ เซเด มิรานเดส 1–0 ที่สนามกีฬาเทศบาลอันดูวา ซึ่งทำให้ทีมจบลำดับที่ 2

ฤดูกาลแรกของพวกเขาในลีกสูงสุดได้รับการพิสูจน์ว่าเป็นเรื่องยาก เมื่อทีมจบลงด้วยอันดับที่ 17 ซึ่งห่างจากโซนตกชั้นไม่กี่คะแนน ในฤดูกาลถัดมาของพวกเขาจบลงในลักษณะเดียวกันและจบที่อันดับ 17 อีกครั้ง ในฤดูกาล 2018-19 เลกาเนสทำผลงานได้ดียิ่งขึ้นกว่า 2 ฤดูกาลแรก ด้วยการจบลำดับที่ 13[4]

ในวันที่ 24 มกราคม ค.ศ. 2018 เลกาเนส สร้างประวัติศาสตร์การผ่านเข้ารอบ โกปาเดลเรย์ รอบรองชนะเลิศ ได้เป็นครั้งแรก หลังจากการเอาชนะ เรอัลมาดริด ในรอบก่อนรองชนะเลิศ ได้ด้วยผลคะแนน 2–1 ที่สนามกีฬาซานเตียโก เบร์นาเบว โดยในรอบรองชนะเลิศพวกเขาพบกับเซบียา ซึ่งทีมได้พ่ายแพ้ไปด้วยผลคะแนนรวมสองนัด 3–1 (นัดแรก 1–1 นัดที่สอง 0–2) [5]